Die Elementarzusammensetzung einer Verbindung (bzw. des jeweiligen Fragments) lässt sich berechnen, falls man von den jeweiligen Peaks nicht nur die Nominalmasse kennt, sondern die exakte Masse mit einer Mindestauflösung von 5000 (besser 10000). Da die einzelnen Isotopen keine ganzzahligen Massen aufweisen, lassen sich durch einfache Kombination alle möglichen Summenformeln für einen gegebenen Peak berechnen. Allerdings kann diese Berechnung bereits bei mittleren Massenzahlen (ab 200 Dalton) ziemlich langwierig sein, da sich eine astronomische Zahl von Möglichkeiten ergibt. Um die Berechnung dennoch durchführen zu können, muss man einige Einschränkungen vorgeben (z.B. die Minimal- und die Maximalzahl der beteiligten Atome). Außerdem sollte der Algorithmus auch noch chemisch sinnlose Kombinationen von vornherein ausschließen.

Als Beispiel sei die Berechnung aller möglichen Summenformeln für die Masse 252.09 0.02 gezeigt, wobei folgende Einschränkungen gelten: C = 6..21, H = 0..52, N = 0..4, O = 0..4. Die angegebene Toleranz entspricht einer Auflösung von 6000.

verschiedene Summenformeln mit exakter Molekülmasse
(Sie können sich auch ein interaktives Beispiel dazu ansehen.)

Summenformel	Masse
C10H12N4O4	252.085788
C11H14N3O4	252.098364
C14H10N3O2	252.0772656
C14H12N4O1	252.101088
C15H12N2O2	252.0898416
C16H12O3	252.0785952
C16H14NO2	252.1024176
C19H10N	252.0813192
C20H12	252.0938952